La Junta de Gobierno es el órgano rector del Colegio Oficial de Ingenieros Industriales de Cantabria, elegida por votación abierta a todos los colegiados con derecho a voto. La mitad de sus cargos se renuevan cada dos años, teniendo cada miembro un mandato de cuatro.
Además de la Junta se han formado las siguientes Comisiones:
- Comisión de Alumnos y Formación
- Comisión de Comunicación
- Comisión de Actividades Sociales
- Comisión Económica: secretario, interventor, decano y vicedecano
- Comisión Patrimonio Industrial
- Comisión Profesional y de Relaciones con Administraciones